Научно-исследовательская работа в соответствии с планом государственного задания на осуществление научных исследований и разработок НИИ гигиены и охраны здоровья детей и подростков ФГАУ «НМИЦ здоровья детей» Минздрава России выполняется следующими научными подразделениями:
 

Лаборатория комплексных проблем гигиены детей и подростков  
Лаборатория комплексных проблем гигиенической оценки и экспертизы  
Лаборатория биокибернетических методов исследования