Научная деятельность НИИ гигиены и охраны здоровья детей и подростков осуществляется в соответствии с планом основных мероприятий Десятилетия детства на период до 2027 года (утвержден распоряжением Правительства Российской Федерации №122-р от 23.01.2021) и Стратегией научно-технологического развития Российской Федерации (утверждена указом Президента Российской Федерации №642 от 1.12.2016г).
Основные направления работы связаны с разработкой профилактических технологий формирования здоровья детей и подростков в образовательных организациях, поиском путей оптимизации условий и режимов обучения школьников. Большое внимание уделяется особенностям формирования здоровья в условиях цифровизации современного общества, разработке гигиенических регламентов воздействия факторов современной образовательной среды для обеспечения безопасных для здоровья детей условий обучения и воспитания, а также организации питания в образовательных организациях и в домашних условиях; социально-педагогическим аспектам укрепления здоровья обучающихся в семье. Разрабатываются и совершенствуются технологии комплексной оценки качества и безопасности для здоровья детей и подростков товаров детского ассортимента.
По результатам научных исследований разрабатываются нормативно-методические документы по различным вопросам гигиены и охраны здоровья детей и подростков.

Исследования осуществляются следующими научными лабораториями, входящими в состав института:
 

Лаборатория комплексных проблем гигиены детей и подростков  
Лаборатория комплексных проблем гигиенической оценки и экспертизы  
Лаборатория биокибернетических методов исследования